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AGHYLE

Face aux enjeux environnementaux, alimentaires et énergétiques, de profonds changements de paradigmes doivent être amorcés par les sociétés.

L’unité AGHYLE évolue dans un contexte scientifique axé sur l’étude des interactions entre les plantes, les sols, l’eau et la diversité biologique, en réponse aux enjeux actuels de la transition agroécologique.

Ses recherches visent à comprendre les processus biologiques, physico-chimiques et écologiques impliqués dans la santé des sols, la nutrition des plantes, la productivité des cultures et la résilience des agroécosystèmes face aux stress biotiques et abiotiques.

Ce cadre s’inscrit dans des politiques publiques ambitieuses : 

  • réduction des intrants chimiques,
  • amélioration de la qualité des sols et de l’eau,
  • préservation de la biodiversité
  • adaptation au changement climatique. 

L’unité AGHYLE développe ainsi une approche systémique et multi-échelle de l’agriculture durable.

Schéma de la zone critique (d’après Chorover et al., 2007)

* Schéma de la zone critique (d’après Chorover et al., 2007)

logo AGHYLE

 

Les enjeux de l'unité AGHYLE

L’unité AGHYLE se positionne sur plusieurs enjeux majeurs :

  • Soutien aux transitions agricoles : par l’identification et la diffusion de pratiques agricoles innovantes favorisant la santé des sols, la réduction des produits phytosanitaires et l’optimisation de la fertilisation.
  • Contribution à l’innovation scientifique : à travers le développement de biosolutions, de modèles prédictifs et d’outils de caractérisation des sols, de la rhizosphère et des transferts environnementaux.
  • Formation et encadrement : forte implication dans la formation initiale (élèves ingénieurs), la formation par la recherche (masters, thèses, postdocs), et la formation continue des acteurs du monde agricole et environnemental.

Le projet scientifique

Le projet scientifique de l’unité AGHYLE est structuré autour de trois grands axes thématiques complémentaires :

  1. Interactions Sols – Plantes – Microorganismes
    Étude du fonctionnement de la rhizosphère, du rôle des microbiotes dans la santé des plantes et de l’impact des pratiques culturales sur la biodiversité microbienne. Développement de biosolutions (biocontrôle, biostimulants) et exploration des relations génotype × environnement.
     
  2. Processus de biodisponibilité des éléments
    Analyse des processus contrôlant la disponibilité du phosphore, de l’azote et autres nutriments,  en lien avec les pratiques agricoles, les intrants alternatifs, les traits racinaires et la faune du sol impliquée dans la minéralisation et le recyclage des éléments. Étude des interactions entre traits racinaires, exsudation et recyclage des éléments.
     
  3. Quantification et modélisation des transferts
    Développement de modèles prédictifs des flux d’eau, de nutriments et de contaminants à différentes échelles spatiales. Approches couplant hydrogéologie, géochimie et écologie pour étudier les fonctions des sols (cycle des éléments, régulation de l’eau, habitat, etc.) et proposer des leviers d’action territoriaux.
     
Schéma explicatif - unité AGHYLE

L'unité AGHYLE

L’unité AGHYLE est un acteur clé de la recherche agronomique et environnementale, spécialisée dans l’étude des interactions sols-plantes-microorganismes et la modélisation des transferts dans les agroécosystèmes.

Elle joue un rôle central dans l’accompagnement des transitions agricoles vers des pratiques plus durables, au croisement de l’innovation scientifique, de la formation d’ingénieurs, et des partenariats socio-économiques. 

Son expertise repose sur une approche multidisciplinaire, des expérimentations en plein champ, et une volonté forte de transférer les connaissances vers les filières agricoles et les politiques publiques.

L'équipe

AGHYLE Campus de Beauvais

AGHYLE Campus de Rouen

  • Maroua ALAOUI - « Contribution à la compréhension des interactions plantes / microorganismes du sol : étude de la rhizodéposition de microARN chez le blé, colza et pois sous contraintes abiotiques. » - Thèse soutenue le 2 décembre 2025
  • Charlotte AMY – « Optimisation de la disponibilité du Phosphore du sol par des biointrants (biofertilisant) : impacts sur l’Efficience d’usage des fertilisants azotés et le Rendement chez le colzA » - Thèse soutenue le 17 décembre 2021
  • Maëva BICARD –  « Intégration des modèles écophysiologiques en amélioration des plantes. Identification et caractérisation des facteurs environnementaux impliqués dans les interactions génotypes/environnement chez l’orge de printemps »  - Thèse soutenue le 1er février 2022
  • Mathilde CAMIADE –  « Impacts sanitaire et écologique de l’adaptation de bactéries pathogènes entériques aux végétaux »  - Thèse soutenue le 9 Juillet 2019
  • Chloé ELMERICH - « Étude des interactions génotype x environnement pour l'adaptation et l'amélioration du soja en Europe » - Thèse soutenue le 10 novembre 2023
  • Matthieu FORSTER –  « Root traits effect on soil traffic-induced shear in agroecosystems » - Thèse soutenue le 20 novembre 2020
  • Salma HAMMAMI – «  Evaluation des risques morpho-hydrologiques et impact sur l’aménagement : Grand Tunis »
  • Nicolas HONVAULT – « Effet de la diversité fonctionnelle des cultures intermédiaires sur la disponibilité du phosphore dans les sols » - Thèse soutenue le 18 novembre 2020
  • Mohamed KANTE – « Impact de la rhizodéposition C et N par les Fabacées à graines et les Fabacées fourragères sur les  communautés microbiennes édaphiques et sur la dynamique du carbone, de l’azote et du phosphore dans le sol » - Thèse soutenue le 13 juillet 2022
  • Rana KHEMIRI – «  Etude géologique et hydrogéologique de la région de Kébilili Gabès (Sud Tunisien) »
  • Pauline LUSLEY – « Caractérisation de mécanismes directs et indirects de résistance à la pourriture racinaire du pois induite par Aphanomyces euteiches. Influence des choix variétaux et des microorganismes bénéfiques de la rhizosphère » - Thèse soutenue le 16 octobre 2020
  • Anouk LYVER – « Rôle des interactions plantes, microorganismes et sol sur les voies d'incorporation de résidus de culture dans la matière organique du sol » - Thèse soutenue le 15 décembre 2025
  • Fida MRAD - « Décomposition de résidus de culture et de matériaux biosourcés : impacts sur les communautés microbiennes des sols agricoles et les fonctions associées » – Thèse soutenue le 18 décembre 2018
  • Aline PLANCHON – « Ecoproduction et valorisation du lin: écoproduction contre Fusarium oxysporum et impact sur les propriétés des agromatériaux » – Thèse soutenue le 18 décembre 2018
  • Cyrine REZGUI – « Dynamique de l’Azote issu de la culture de pois d’hiver dans la rotation » - Thèse soutenue le 11 décembre 2020
  • Erika SAMAIN – « Etude des interactions PGPRs/génotypes de blé tendre dans la lutte contre la septoriose » - Thèse soutenue le 18 Juin 2019
  • Viviane SCHELL – « Améliorer l'association en relais céréale hiver/soja par l'étude de la compétition subie par le soja et son évaluation agro-environnementale » - Thèse soutenue le 8 avril 2024
  • Dhekra SOUISSI – « Cartographie de la recharge potentielle dans les zones arides »
  • Angel VELASCO SANCHEZ - Campus de Rouen « Impact of reflow fertilizers on soil microbial communities diversity and functions »

Les projets de recherche

Soja Made in Normandie / 2020-2023

Objectifs :

Développer à terme la filière du soja bio en Normandie via des itinéraires techniques novateurs construits sur des pratiques agroécologiques (production garantie sans OGM, démarche bas intrants, et faible empreinte carbone), créatrice de valeurs sur l’ensemble de la chaîne (agriculteurs, collecteurs, industriels, consommateurs).

Partenaires :

UMR INRA-UNICAEN 950 EVA ; EA 4358 Glycomev Université de Rouen; Terres Inovia; la CRAN; Agrial; Coop de Creully et Agrauxine. 

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN
 

Bactéries, Exsudats Et Rhizodépôts/ 2019-2022

Objectifs :

Etude multi-disciplinaire des rhizodépôts de 5 plantes dont 3 plantes de grande culture, afin de contribuer à l’essor des techniques d’agroécologie.

Partenaires :

Université Rouen Normandie : GlycoMev, LMSM, COBRA UMR 6014, ¨Plateforme PRIMACEN ; Université Caen Normandie : EVA UMR 950, Plateforme CMAbio, ICORE SF 4206.

Contacts UniLaSalle : Mélanie BRESSAN
 

Utilisation du Silicium et des Terres rares pour mieux tracer et comprendre la bio-Disponibilité du Phosphore dans les sols agricoles / 2020-2021

Objectifs :

Limiter l’utilisation du Phosphore dans les applications agricoles en optimisant leur biodisponibilité pour les plantes.

Partenaires :

Université de Liège

Contacts UniLaSalle : Olivier POURRET
 

Protéines Végétales / 2020-2022

Objectifs :

Evaluer et spatialiser le potentiel d’une diversité de cultures absentes ou peu implantées en région et dont les productions présentent une teneur en protéines supérieure à celle des plantes cultivées actuellement.

Partenaires :

Université de Rouen GlycoMev EA 4358 ; CERFRANCE Normandie Maine, NATUP

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET

En savoir plus sur le projet
 

Phosphorus REcovery for FertiLisers frOm dairy processing Waste – 2018/2021.

Objectif :

Ce projet a pour objectif de tester de nouveaux procédés de traitement des déchets organiques issus des entreprises laitières (traitements thermiques, utilisation de suspension microbiennes, …) et d’évaluer les conséquences de ces traitements sur la composition biochimique de ces déchets organiques.

Partenaires :

Académiques : Université de Wageningen (Pays Bas), Université de Gallway (Irlande), Université de Swansea (Pays de Galles), Université de Venise, Université de Gent

Socioéconomiques : Biomass Heating Solutions Ltd, Agricultural Catchments Programme, Aurivo Dairy Ingredients, Lakeland Dairies

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN et Marie SAUVADET

Optimisation de la biotisation des substrats horticoles : Alternative pour la lutte contre les pathogènes telluriques

Objectifs :

Ce projet vise à valider et promouvoir l’utilisation des produits de biotisation pour la protection des plantes contre les maladies telluriques dans un contexte horticole. Il s’agit plus spécifiquement d’identifier les conditions de culture favorables à la fois à la croissance des plantes modèles et à la colonisation des substrats par les microorganismes constitutifs des produits de bio contrôle ; puis d’évaluer le potentiel de protection contre les maladies pour les conditions de culture et de biotisation optimales identifiées.

Partenaires :

ASTREDHOR Seine-Manche, ASTREDHOR SO GIEFP, firmes produisant des solutions de bio contrôle

Contact UniLaSalle : Mélanie Bressan

Root Plant Technologies / 2020-2023

Objectifs :

Renforcer technologiquement la plateforme Normand Serre, avec pour ambition l’acquisition de technologies innovantes pour optimiser les observations et les mesures sur plusieurs échelles et résolutions dans l’interface sol - plante – microorganismes.

Partenaires :

Université de Rouen GlycoMev EA 4358

Contact UniLaSalle : Isabelle GATTIN
 

Amélioration de la GEstion quantitative des eaux souterraines par le PILotage de la nappe phréatique

Objectif : Etudier comment gérer les ressources en eau souterraines de manière durable.

Partenaires : UTC ; SMOA (Syndicat Mixte Oise Aronde).

Contact : Romain ARMAND 

Caractérisation agronomique de nouvelles légumineuses à graines en vue d’une diversification de la production

Objectif : identifier des légumineuses à graines, actuellement non cultivées en France-Belgique, susceptibles de s’adapter sous notre pédoclimat en satisfaisant à la fois les agriculteurs en termes de volume produit et le grand public en diversifiant la source de protéines végétales, tout en répondant aux normes environnementales actuelles.

Partenaires : Université de Gembloux.

Contact : Alicia AYERDI-GOTOR

Écotoxicité du Bisphénol A vis-à-vis de la croissance, de la nutrition en P et des traits racinaires chez une variété de blé -2018/2019.

Objectif :

Etudier l’effet du Bisphenol A sur les traits fonctionnels impliqués dans la croissance et la nutrition phosphatée du blé.

Partenaires :

UCEIV (ULCO)

Contact UniLaSalle : Stéphane FIRMIN

LAND Management, Assessment, Research Knowledge base 2015/2019.

Objectif :

Ce projet de recherche a notamment pour ambition de mettre en place  une boîte à outils pour le management des sols à l’échelle  européenne, en intégrant des indicateurs sur cinq grands types de fonctions des sols : potentiel agronomique ; purification et régulation de l’eau ; séquestration et régulation du carbone ; biodiversité/habitat et cycle des nutriments.

Partenaires :

17 pays européens + la Chine et le Brésil, soit 22 structures de recherche.

Contact UniLaSalle : Isabelle GATTIN

Contamination primaire des salades par les micro organismes pathogènes : points critiques et leviers – 2016/2019.

Objectif :

Ce programme a pour ambition de renforcer la qualité sanitaire des salades destinées à la première et quatrième gamme. Il vise à identifier les origines et les vecteurs de la contamination primaire des salades par les microorganismes pathogènes (bactéries, virus et parasites) en vue de proposer aux producteurs un guide harmonisé de bonnes pratiques culturales permettant d’améliorer la qualité sanitaire des produits avant la livraison.

Partenaires :

Chambre Régionale d’Agriculture de Normandie, Chambres Départementales d’Agriculture (14, 50, 76), ACTALIA (Institut Technique Agro-Industriel), SILEBAN (Station d’expérimentation légumière régionale), Unité LMSM-EA 4312 -Université de Rouen.

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET et Karine LAVAL

Objectif :

Le projet vise à obtenir une meilleure connaissance 1) des mécanismes directs et indirects impliqués dans la nutrition des plantes (C, N, P), 2) des mécanismes impliqués dans la défense racinaire et 3) du rôle des micro organismes pour la santé et la nutrition des plantes.

Partenaires :

Unité LMSM EA 4312 Université de Rouen ; Unité GlycoMev EA 3458 Université de Rouen ; UMR EVA INRA 950 Université de Caen.

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN et Adrien BLUM

Intérêts de la mycorhization  dans les pratiques agricoles et d’agroforesterie– 2016/2020).

Objectif :

Le projet a pour ambition de contribuer à la compétitivité des systèmes de cultures favorables à la vie des sols, au stockage du carbone, à la préservation des ressources en eau et à la diminution d’utilisation d’intrants chimiques en agissant pour la prise en compte des symbioses endomycorhiziennes dans les pratiques agricoles.

Partenaires :

Chambre d’Agriculture de Dordogne ; Chambre d’Agriculture de la Corrèze ; INRA Dijon UMR 1347 ; Muséum National d’Histoire Naturelle ; Association Française d’Agroforesterie ; CTIFL ; Station de la noix de Creysse ; EPLEFPA du Périgord ; EPLEFPA de Brive Voutezac ; EPL de l’Eure LEGTA  de Chambray ; A2C Farming Communication Agriculture de Conservation.

Contacts UniLaSalle : Marc LEGRAS et Babacar THIOYE

Référencer des indicateurs de microbiologie des sols et les intégrer dans l’analyse de terre de routine, pour améliorer la gestion des restitutions organiques dans les systèmes de grandes cultures et polyculture élevage – 2017/2020.

Objectif :

Le projet Microbioterre vise à intégrer des analyses microbiologiques aux analyses de terre réalisées par des laboratoires. Il s’agit in fine d’élargir le diagnostic et le conseil pour la gestion des pratiques culturales restituant du carbone au sol.

Partenaires :

ARVALIS,Terres Inovia, ITAB, INRA UMR ECOSYS et FARE, AUREA-AGROSCIENCES, Chambres d’Agriculture de Bretagne, CELESTA-LAB, SEMSE, RITTMO, Chambre d’Agriculture de la région Alsace (CARA), ARAA, Chambre d’Agriculture de Saône-et-Loire, Chambre régionale d’Agriculture d’Alsace-Champagne-Ardennes-Lorraine (CRA-ACAL), LEGTA d’Yvetot.

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET et Nadia LAURENT

Optimisation de la biotisation des substrats horticoles : Alternative pour la lutte contre les pathogènes telluriques

Objectifs :

Ce projet vise à valider et promouvoir l’utilisation des produits de biotisation pour la protection des plantes contre les maladies telluriques dans un contexte horticole. Il s’agit plus spécifiquement d’identifier les conditions de culture favorables à la fois à la croissance des plantes modèles et à la colonisation des substrats par les microorganismes constitutifs des produits de bio contrôle ; puis d’évaluer le potentiel de protection contre les maladies pour les conditions de culture et de biotisation optimales identifiées.

Partenaires :

ASTREDHOR Seine-Manche, ASTREDHOR SO GIEFP, firmes produisant des solutions de bio contrôle

Contact UniLaSalle : Mélanie Bressan

Agroécologie des cultures intermédiaires, effet de la diversité fonctionnelle sur la disponibilité du phosphore)-2017/2020) VIVESCIA et ANRT

Objectif :

Le projet a pour ambition d’examiner au sein des cultures intermédiaires, l’effet de la diversité fonctionnelle des traits impliqués dans l’acquisition et la disponibilité du phosphore en vue de gérer durablement la fertilisation des cultures.

Partenaires :

VIVESCIA, University of Western Australia and ETH Zurich.

Contact  UniLaSalle : Michel-Pierre Faucon

Gestion de la fertilité des sols par séquestration de carbone stable issu de la conversion thermochimique de biomasses résiduelles de la filière compost -2017/2020.

Objectif :

Le projet a pour ambition de valider un nouveau modèle économique de production d’amendements organiques et de supports de culture à forte valeur agronomique intégrant des biochars dans des composts jusqu’ici mal valorisés.

Partenaires :

ETIA, INRA, ACF (Loire Compost, Agricompost10, Agriopale)

Contact UniLaSalle : David HOUBEN

Les chaires

Réseaux de recherche

Cette Structure Fédérative labellisée en 2017 par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de Recherche co-fondée et co-dirigée par UniLaSalle (Karine LAVAL) vise à fédérer les disciplines en sciences végétales et agronomiques en Normandie pour générer de nouvelles collaborations basées sur des compétences uniques et complémentaires, renforcer la lisibilité nationale et internationale des unités constituantes et augmenter l’attractivité du territoire normand.

Les compétences des chercheurs de la SFR NORVEGE couvrent des champs disciplinaires allant de la biologie végétale à l’agronomie en passant par la microbiologie, la biochimie, la physico-chimie, l’écologie et l’économie. La SFR favorise une recherche pluridisciplinaire dans le domaine de l’agro-écologie, la nutrition et la santé des plantes, en focalisant ses activités sur les relations plantes-sols-microorganismes et s’appuie sur la technologie de la Station Expérimentale Normand Serre pour la réalisation de ses programmes de recherche.
 
5 unités de recherche sur le territoire normand dont l’unité AGHYLE campus Rouen, soit une centaine de chercheurs, doctorants et post-doctorants sont ainsi fédérés avec comme objectifs :

  1. le développement de solutions agronomiques innovantes favorisant l’économie des intrants et l’utilisation des produits et des méthodes de biocontrôle pour une protection intégrée des cultures (Plans Ecophyto Et Produire autrement du MAA)
  2. la valorisation des ressources agronomiques

Tout en favorisant les collaborations scientifiques avec des partenaires aussi bien académiques qu’issus du monde socio-économique.

La SFR communique chaque année sur les programmes soutenus au sein de ses équipes  au travers d’une Journée scientifique dédiée : La Journée de la SFR Normandie Végétale organisée à tour de rôle par l’Université de Rouen, l’Université de Caen et UniLaSalle.  

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Plus d'infos sur la Journée de la SFR

Ce RMT prendra la suite du RMT Fertilisation et environnement. La nutrition des plantes et la production végétale sont au cœur de la question de la production agricole durable : établir des stratégies qui permettent à la plante d’utiliser les nutriments disponibles dans l’agrosystème, complétés avec la bonne dose d’intrants, en minimisant leur usage et les impacts sur l’environnement.

Néanmoins ces questions sont profondément revisitées à l’aune des changements de pratiques et de systèmes de culture. Ces changements sont induits par (i) le virage de l'agroécologie pour répondre aux enjeux du changement climatique, de la préservation de la biodiversité, et de la qualité des milieux et de l’alimentation, ouvrant une place croissante à l’agriculture biologique, l’agriculture de conservation, l’agroforesterie, (ii) la transition volontaire vers l’économie circulaire pour s’adapter à la raréfaction des ressources, conduisant à une plus large mobilisation des matières fertilisantes de qualité issues de ressources renouvelables, une meilleure valorisation des éléments nutritifs de déchets d’origines toujours plus variées ainsi que (iii) la diversification des modalités de production et de valorisation des résidus organiques (composts variés, digestats de méthanisation) ou minéraux (dérivés « déchets-sourcés » : struvite, biochar…) dans les meilleures conditions agronomiques, sanitaires et environnementales.

Le RMT BOUCLAGE mènera des travaux interdisciplinaires (relevant notamment des domaines de l’agronomie, de l’agro-écologie et de l’économie) visant 1) à comprendre les déterminants des pratiques, seules et combinées, mobilisées pour la gestion des cycles biogéochimiques et de la fertilisation des cultures et dans une approche systémique et anticipatrice, et 2) à en maîtriser les impacts environnementaux et sanitaires.

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Le RMT PHYTOSTIM a pris le relais en 2020 du RMT ELICITRA. Ce RMT s’intéresse à la phytostimulation en générale, et mènera de front, avancées scientifiques, progrès méthodologiques et intégration des solutions dans les systèmes de cultures. AGHYLE Rouen est partenaire de ce réseau.

L’équipe d’AGHYLE ambitionne de partager avec le RMT les travaux de recherche dans le domaine de la protection des plantes dans un contexte de transition agroécologique via la stimulation du système immunitaire végétal et le développement, qui est un des axes de recherche de l’Unité.

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Contactez-nous !

Isabelle TRINSOUTROT-GATTIN
Directrice de l’unité AGHYLE
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Stéphane FIRMIN
Directeur adjoint de l’unité AGHYLE
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